Titlen - den skjulte krig - hentyder til de brutale sammenstød mellem forskellige afrikanske stammer i Sydafrika i de sidste år før det demokratiske valg i 1994, som betød afslutningen af apartheid-styret. Filmen skildrer angiveligt de begivenheder, som faktisk fandt sted. Hovedpersonerne, som er fire fotografer, er straks på pletten, når der er optøjer - på jagt efter det ultimative pressefoto.
I indledningsscenen spørges fotografen Kevin (Taylor Kitch) om, hvad der kendetegner et rigtigt godt billede. Han kan ikke umiddelbart svare. Derefter klippes fire år tilbage til 1990, hvor fotograferne følger et tip fra lokale, som oplyser, at medlemmer af Inkatha (som har sin oprindelse i zulu-stammen) angriber dele af Soweto, hvor der bor mange ANC-sympatisører (ANC er Mandelas parti). Bevæbnet med macheter og spyd og med røde pandebånd hugger de ned for fode. Fotograferne oplever drabet på en mand. Fotografen Greg (Ryan Philippe) spørger en dreng om, hvorfor manden skulle dø, og får som svar, at det var, fordi han var Inkatha - zulu. Der er ikke brug for andre grunde. Greg går over mod barakkerne, hvor Inkatha-folkene bor, for at høre om konflikten fra deres side. Han gør det med livet som indsats, for drengen har advaret ham: "At gå derhen er en smutvej til Himlen."
Filmen viser flere bestialske nedslagtninger, så det er med god grund, at der er en censur på 15 år. Afvekslende med brutale sammenstød følger vi de fire fotografers samarbejde med en avisredaktion og deres eskapader med lokale piger. Der er enkelte gode humoristiske indslag, som løsner op for den knugende stemning. Sproget er ofte temmelig råt, der er diskrete sexscener og en enkelt direkte nøgenscene, diskoteksbesøg, indtagning af stoffer, drikkeri, og hvad der elles hører med til fire unge, verdslige fyres hverdag.
Filmen har flere sideløbende temaer. Der er skildringen af de voldelige sammenstød, hvor det hvide styre og politiet fører en hemmelig krig mod ANC ved at støtte zuluerne med blandt andet at give dem skydevåben. Så er der portrættet af de fire krigsfotografer, hvor vi får en fornemmelse af deres eventyrlyst. Den viser sig der, hvor Greg bliver spurgt om, hvorfor han gik ind i Inkathas lejr, selv om ingen fotograf tidligere har vovet sig ind. Hans svar er: "Fordi jeg var bange for det." Den viser sig også i en vanvittig scene, hvor Greg under heftig beskydning vil hente et par colaer. Men der antydes også en drivkraft mere for fotograferne, nemlig den, at de med deres arbejde dokumenterer vanviddet, som ellers ville være ukendt for verden.
De etiske aspekter ved pressens rolle i en voldelig konflikt skildres rigtig godt. Er det i orden at fotografere en mand, der bliver dræbt ved at blive overhældt med benzin og derefter brændt af? Er det i orden at fotografere en dreng, der er dræbt med hug af macheter? Er det i orden at fotografere en pige, der er ved at dø af sult? Greg forsvarer sig med, at han på den måde er med til at åbne verdens øjne for, hvad der sker. To af de fire fotografer vandt den meget eftertragtede Pulitzerpris i løbet af de fire år, filmen dækker.
Med baggrund i "The Hidden War" er det endnu mere mirakuløst, at det lykkedes Mandela - som skildret i Invictus - at få apartheid-styret afskaffet. Dog er der stadig konflikter blandt de forskellige grupperinger i Sydafrika.