Under anden verdenskrig bliver det besluttet, at der trækkes en hvid linje, som angiver en zone rundt om Vatikanet, så de, der er bag denne linje, er fredet mod nazisternes indtrængen. Den irske, katolske præst, monsignore Hugh O'Flaherty (Gregory Peck), arbejder i Vatikanet. Hans samvittighed tilsiger ham, at han ikke kan se på, at den tyske besættelsesmagt kan anholde sagesløse. Derfor bruger han det meste af sin tid til sammen med andre at sørge for, at krigsfanger og jøder, som er eftersøgte, bliver skjult.
Tyskland udstationerer oberst Herbert Kappler (Christopher Plummer) til at holde justits i Rom. Han finder ud af, at O'Flaherty står i spidsen for et netværk, som forhindrer ham i at finde mange af de eftersøgte krigsfanger og jøder. Bedst som han tror, at han ved, hvad O'Flahertys næste træk vil blive, finder O'Flaherty på noget nyt. Skriftestolen i kirken bruges til at overbringe hemmeligheder og ved borgerskabets fester i byen udveksles diskrete oplysninger.
Filmens hovedfortælling er spillet mellem O'Flaherty og Kappler. Det bæres af en stærk og indimellem morsom dialog og flere overraskende begivenheder. Hjemme er Kappler en kærlig ægtemand og far, men på arbejde er han barsk og kynisk, og hen mod slutningen af filmen har han et frækt udspil.
Det er en film, der bygger på virkelige hændelser, og som er spændende. Man kan ikke vide sig sikker på, hvordan O'Flaherty - eller for den sags skyld hans venner - klarer sig i næste træk. Vatikanet med pave Pius XII (John Gielgud) i spidsen fastholder deres neutralitet i krigen, og paven gør det klart over for O'Flaherty, at hvis han bliver fanget, så kender Vatikanet ikke noget til, hvad han går og laver.
Filmen er lavet til tv i 1983 (i 3:4 format). Der er enkelte tortur- og skudscener, som gør det rimeligt at have censuren på 15 år.
Tilgivelse spiller en vigtig rolle i filmen, der er præget af katolsk fromhed med vievand, rosenkrans m.m. Det skinner igennem, at motivationen for O'Flahertys handlinger bl.a. skal findes i hans kristne tro, men noget forsøg på at afspejle troen på et dybere plan er der ikke tale om. Efter at have set filmen kan det være relevant at overveje: Kan der være grænser for, hvem man vil tilgive og hjælpe? - og: kan man være neutral over for ondskaben uden at svigte kærligheden?
"Vatikanet" skildrer et af de lyspunkter, som samvittighedsfulde mennesker skabte midt i verdenskrigens helvede. Temamæssigt har filmen visse ligheder med Amen. Mere om Hugh O'Flaherty på wikipedia.org