I "Eksperimentet" fortælles den tragiske historie om, hvordan den danske stat i slutningen af 1940'erne fjernede 22 grønlandske børn fra deres forældre for at "danskificere" dem, og efterfølgende gøre dem til rollemodeller for hele det grønlandske folk. Historien er autentisk, hvilket gør filmen til en endnu mere trist oplevelse.
I filmen springer vi ind i historien, da de grønlandske børn kommer tilbage til Grønland efter at have tilbragt små to år hos plejefamilier i Danmark. Børnene skal bo på et børnehjem, hvor danskeren Rigmor Gertsen (overbevisende spillet af Ellen Hillingsø) er ansat som leder. Gert, som hun kaldes, går til opgaven med krum hals og fuld af tro på, at eksperimentet skal lykkes. Hun kommer dog ret hurtigt til kort over for de 22 børn, for det viser sig, at de grundlæggende er kede af deres egen skæbne, så smil og latter opleves sjældent på børnehjemmet. Det er ikke lykkedes at gøre børnene danske, bortset fra at de nu taler dansk og ikke længere kan huske deres grønlandske modersmål. Børnene er dermed i en situation, hvor de ikke rigtigt passer ind nogle steder, hverken i det grønlandske samfund eller blandt det danske mindretal.
Til skolelederens store fortrydelse, begynder børnene i den danske skole, men det afsløres hurtigt, at de ikke tilnærmelsesvis er på niveau med deres danske klassekammerater. Gert får derfor arrangeret ekstraundervisning på børnehjemmet efter skoletid, hvilket betyder, at børnene stort set ikke laver andet end skolearbejde i deres vågne timer. Man forstår, hvorfor børnene ikke har meget at glæde sig over! Et enkelt barn skiller sig ud, Karen hedder hun, dels ved at hun flere gange mødes med sin biologiske mor, der bor i byen, og dels ved, at hun i skolen er på niveau med sine danske klassekammerater. Sidstnævnte er grunden til, at Gert på flere måder giver hende særstatus, og hun bliver personificeringen af Gerts tro og håb på en succesfuld udgang på eksperimentet. En dag afsløres det dog, at Karen konsekvent har snydt sig til sine gode resultater i skolen, og fra da krakelerer Gerts tro på eksperimentet. Mod Gerts vilje fortsættes eksperimentet, og den danske konsul på Grønland, spillet af Morten Grundwald, fremstår som ondskaben selv i hans iver efter ikke at ville indrømme eksperimentets fiasko, og derfor vil fastholde de 22 børn i en trøstesløs situation uden udsigt til bedring.
Filmens instruktør er den debuterende Louise Friedberg, og hun har tydeligvis fokuseret på at fortælle historien så historisk korrekt som muligt. Dette går dog ud over filmen, der i perioder opleves langtrukken og småkedelig. Det er som om, potentialet i historien ikke udnyttes ordentligt, og man kommer eksempelvis aldrig rigtig tæt på de grønlandske børn. En del af begrundelsen for dette er givetvis, at forstanderinden Gert er valgt som hovedperson, hvormed den danske vinkel fastholdes, ironisk nok ganske i tråd med selve eksperimentet. Det ville have været mere interessant, hvis instruktøren havde turdet fortælle historien fra den grønlandske vinkel, hvormed vi måske ville kunne komme mere under huden på de tragiske børneskæbner.
I stedet ender filmen med at blive et portræt af en idealistisk, dansk forstanderinde, der ikke helt er sin opgave som mor for de 22 børn voksen. Mange ubesvarede spørgsmål står desuden tilbage, eksempelvis hvordan børnene er udvalgt, hvordan de oplevede tiden i Danmark, og hvilke konsekvenser eksperimentet på længere sigt fik for børnene.
Filmen oppebæres i høj grad af stærke præstationer af Karen Hillingsø (Gert) og Laura Skaarup Jensen (Karen), hvis fine samspil skaber de mest intense og troværdige scener i filmen. Videre er eksperimentet godt filmet med mange flotte billeder, og så er det grundlæggende interessant at lære mere af den danske historie, også de mere dunkle sider, som eksperimentet utvivlsomt hører til.
Efter filmens afslutning sidder man med en trang til at undskylde på den danske stats vegne over for disse grønlændere, og måske kan selve filmen medvirke som en slags undskyldning. I alt fald fortælles her om et kapitel i Danmarks historie, som vi gerne ville være foruden. Filmen kan i øvrigt føre til refleksion over menneskers medførte kulturs betydning, og dermed være et indspark i den aktuelle debat om integration/assimilation.